Народившись у козацькій родині на Кубані, будучи підлітком, він втратив батька і брата, що були розстріляні радянською владою. Надалі, приховуючи відомості про свою репресовану родину, блискуче навчався та закінчив Київський інститут народної освіти, з якого ледь не був відрахований, коли була виявлена правда про його родину «ворогів радянської влади». Яскравою сторінкою біографії С. Підгайного стало життя у Харкові та робота у Музеї Слобідської України, але всі плани на майбутнє перекреслив його арешт органами ДПУ. Молодість Семена Олександровича було спаплюжено 8-ми річним покаранням на Соловках, а лихоліття війни змусили його емігрувати на чужину.

24 жовтня 1941 р. останні радянські підрозділи покинули Харків, отже  місто було повністю окуповане німецькими військами. Відтоді життям місцевого населення керувала новостворена Харківська міська управа (ХМУ), у складі якої був утворений відділ освіти, а при ньому спеціальна комісія з історії.