Історія музею бере початки з 1989 року, коли товариство «Меморіал» почало розкопки в Дем’яновому Лазі. Там було знайдено скелети закатованих людей, а зокрема, прострелені черепи, забиті цвяхи в кістки рук і ніг. Тому виникла необхідність зберегти експонати і поширити цю інформацію серед загалу.

З нагоди цієї події у Харкові зібралися всі духівники Харківсько-Полтавської єпархії Української Автокефальної Православної Церкви. Під час заходу було зачитано Акт з відновлення Української Державності, що був проголошений у Львові 70 років тому Організацією Українських Націоналістів.